1990'lı yıllar Türkiye ve Yunanistan için düşmanlık ve dostluğun en çok tartışıldığı dönem oldu. Ege Denizi'nde yaşanan anlaşmazlıklar Batı Trakya Türkleri ile ilgili gelişmeler Fener Rum Patrikhanesi'nin ekümen olma çabaları ve kronikleşen Kıbrıs Sorunu bu dönemde iki ülke arasında sık sık gündeme geldi. Yunanistan Türkiye'ye karşı gizliden teröre destek vererek silahlanmaya devam etti. Batı ile ilişkilerini sürdürürken bir yandan da Rusya'dan S-300 füze savunma sistemi satın aldı. İki ülke arasında krizler dönemi olarak isimlendirilen 1990'lı yıllarda yaşananlar uzun yıllar hafızalardan silinmedi. Kardak Krizi Kıbrıs'ta yeşil hat delme olayları Loizidou Davası ve Yunanistan'ın teröre verdiği desteğin ortaya çıkması ile iki ülke arasındaki ilişkiler kopma noktasına geldi. Bu sırada önce Türkiye'de daha sonra Yunanistan'da yaşanan depremler sonrası Türk ve Yunan halklarının yakınlaşması iki ülke ilişkilerine olumlu bir hava kattı. Böylelikle gergin siyasi atmosfer değişmeye başladı.  Önce Yunanistan Türkiye'ye karşı AB yolunda vetosunu kullanmadı. Türkiye de terör ile ismi anılan Yunanistan'a karşı daha ılımlı yaklaşmaya başladı. Türkiye ve Yunanistan ilişkilerinin en yoğun zaman diliminin incelendiği eser iki ülke ilişkilerinin geleceğine de ışık tutmaktadır.