Antakya Ortodoks Patrikliği Batı'dan gelen misyonerlerden dolayı siyasi ve idari olarak büyük bir yıkıma uğramıştır. Misyonerlerin etkisiyle Ortodokslar arasından devşirilen Katolik cemaat kısa zamanda Antakya Ortodoks Rum Kilisesi'nin yönetimini eline geçirmiştir. 1830'lu yıllarda Maximus III Mazlum'un Antakya Katolik Rum Kilisesi'ni kurmasına kadar da kilisede yönetim çoğunlukla Katolikliği benimsemiş patriklerin elinde kalmıştır. 1850'li yıllarda üst üste ölüm hadiseleriyle sarsılan kilise bu yıllardan sonra yeniden dirilişe geçmiştir. Antakya Ortodoks Rum Kilisesi yüzyıllarca etkisinde kaldığı İstanbul Ortodoks Rum Patrikliği'nin Antakya'da hatırı sayılır bir Rum cemaat kalmadığından kilise cemaatinin tamamını oluşturan Araplar kendi patriklerini seçmek ve patrikliği Araplaştırabilmek amacıyla zorlu ve uzun soluklu bir mücadelenin kapısını açtılar. Bu mücadelede köken itibariyle Rum olan Patriklerin ya Papalığa ya da İstanbul Rum Patrikliğine biat ettikleri tespit edilmiştir. Gelecekte ekümenik bir patriğin ortaya çıkaracağı problemlerle uğraşmak istemeyen Osmanlı Devleti 20 Ekim 1884'te kilisenin teşrifattaki adından "Ortodoks" ibaresini çıkararak İstanbul Rum Patrikliği'ne indirgemek zorunda kalmıştır. Bu tarihten sonra Antakya kilisesinin teşrifattaki adı ise Antakya Ortodoks Patrikliği olmuştur.Yüzyıllarca Rumların bir vassalı gibi yaşayan Arap metropolitler bu değişiklikten sonra ilk defa kendilerine ait milli bir kilise kurmak ve Arap bir patrik seçmek için o zamana kadar cemaatlerle ilgili her işin dışında kalmayı başaran Osmanlı Devleti'ni de meselenin içerisine çektiler. Sonuçta Arap soyundan gelen Lazkiye Metropoliti Meletiyos Efendi 6 Mart 1899'da patrik kaymakamlığına tayin edildi ve 30 Nisan 1899'da da patrik seçildi.Meletiyos Efendi'nin patrik seçilmesiyle Antakya Ortodoks Patrikliği'nin 1720'li yıllarda başlayan Rum hegemonyasından kurtulma ve millileşme süreci 1899'lu yıllarda tamamlanmıştır.Bu çalışma Osmanlı Devleti ile Batılı aktörler arasındaki din ve mezhep çatışmaları üzerinden baş gösteren rekabet ve mücadeleler hakkında önemli ipuçları sunmaktadır.