X-Men şimdiye kadar var oldukları bile bilinmeyen mutantların karıştığından şüphelenilen bir cinayeti incelemek üzere çağrıldıklarında kurbanın gerçekten de bir mutant olduğunu fakat mutasyonunun yapay olarak gerçekleştirildiğini keşfeder. Arama çalışmalarına hemen başlayan ekip Endonezya'daki bir uzay gemisi hurdalığına gider ve katili gizemli Hayalet Kutusu' nu kurcalayıp çalıştırmak üzereyken bulur. Gerçekten de bir mutant olduğunu açıklayan katil X-Men'e kendisinin veya Hayalet Kutusu' nun kökeniyle ilgili bilgi vermek yerine intihar eder. Yoktan var olmuş gibi belirmeye başlayan yapay yaratılmış gizemli mutantlarla mücadele etmek zorunda kalan X-Men Hayalet Kutusu' nun gizemlerini de çözmek zorundadır: Cihazın kullanım amacı nedir ve cihaz neden Yeryüz ü'ne yollanmıştır?