Bilimin ve felsefenin daha doğrusu üst düzeyde düşünmenin başlıca sorunu yöntem sorunudur. Gündelik yaşamda düşünmenin temel sorunu bile yöntem sorunu olmalıdır: yöntemsizlikte ne kadar zaman ve güç harcıyoruz. Kendiliğinden yöntemli olmakla yöntemi sorun etmek aynı şey olmamalı. Bilimin ve felsefenin temel sorunu özellikle Yeniçağ'ın başlarından bu yana yöntem sorunudur. Yöntem zamanla felsefeden çok bilimde belirleyici oldu ve bilim denince yöntem akla gelir oldu. Görüşler ortaya koymaktan çok doğrulara ulaşmak yöntemli olmayı gerektiriyordu. Bilim alanlarında çalışanlar en iyi sonuçları ya da en verimli sonuçları almak için yönteme zorunlu olduklarını gördüler.  Onlar bu gerçeği görebilmek için aşağı yukarı XVII. yüzyıla kadar beklediler. Bunu zamanını beklemek diye de anlayabiliriz belki: üst düzey düşüncenin gelişiminde bazı erken oluşumlar olsa da her şey kendi zamanını bekler gibidir. Meyvanın tam olgunlaşması gene de zaman alır. Eskilerin yöntem diye belirgin bir sorunları yoktu.