Tufan öncesi uygarlıkların ve Tufan öncesi inanç biçimi olan Ezoterizm öğretisinin Tufan sonrasında yeni bir uygarlık başlatan topluluklara nasıl yansıdığı ikinci cildin başlıca konusu olmuştur. Ansiklopedide ele alınan tüm kadim uygarlıklar ve bunların ortaya koyduğu inanç biçimleri büyük bir ağırlıkla Tufan öncesinden kök almakta ve Ezoterizm inancının izlerini taşımaktadırlar. Çalışmada araştırmacıların birçoğunun açıklamakta zorlandıkları gizemlere tufan öncesi bağlantılar sayesinde akılcı izahlar getirilmesi mümkün olmuştur. Örneğin Sümerlerin nereden geldikleri kendi köklerini dayandırdıkları efsane ülke Dilmun'un neresi olduğu aksi ispatlanamayacak biçimde izah edilmiştir.
Ancak tüm bu Tufan sonrası uygarlıkları ateşten uzaklaşan kıvılcımların yok olmaları gibi dayandıkları Bilgi ve Uygarlık Merkezleri suların altında kaldığı için giderek uygarlık nimetlerinden yoksun kalmış ve kaçınılmaz bir gerileme çağı yaşamışlardır. Önce tüm bu siklet merkezlerinde Tek Tanrı inancı yavaş yavaş kaybolmuş yerini Tek Tanrının birer sembolü olan cisimlerin örneğin Güneş'in tanrılaştırılması almıştır. Böylece her yerde aynı anda nasıl ortaya çıktığı günümüz bilimince izah edilemeyen global bir Güneş Kültü doğmuştur. Güneş Kültü de zamanla çok tanrılı dinlere doğru gerilemiştir.
Ancak bu süreçte Ezoterizm inancı ve Tek Tanrıcılık dünyanın hiçbir noktasında yok olmamış sadece yer altına inmiştir. Bu inanca sahip ekollere bağlı olan inisiyeler kendilerini çok tanrıcı dinlerin rahipleri gibi göstererek inançlarını muhafaza etmeyi başarmışlardır. Bu inisiyelerden birisi olan Musa ile Tek Tanrı inancı farklı bir anlatım tarzıyla olsa dahi tüm dünyaya yeniden yayılmaya başlamıştır.