Felsefe Dersleri'nin ikinci cildinde Üstad Mutahharî'nin Kum'da Esfâr dersinde irad ettiği ve vazifeden ayrıldıktan sonra da bizâtihi kendisinin tashih edip tamamladığı "Hareket" konusunda bir bölüm; yine Mervi Medresesi'nde okutulan İbn Sînâ'nın İlâhiyyât-ı Şifâ'sının "Gâyât" konusundan bir bölüm yer almaktadır.İbn Sînâ'nın Necât adlı eserinden bazı kısa bölümler ve "Kelam" ilmine ilişkin bahislerden bir kısmı da ikinci cilde dahil edilmiştir.Yine Şifâ ve İşârât'ı eksene alarak Vâcibu'l-vucûd (zorunlu varlık) zorunlu varlığın özellikleri ilk ilke oluşu mümkün varlıkla ilişkisi; mutluluk ve haz mutluluğun özellikleri ve dereceleri hayır ve şer problemi; ariflerin makamları zühd ve takvâ seyr-ü sülûk riyazât nübüvvet; varlık ve çeşitli cevherler araz taksimi madde ve sûret ilişkisi madde ile enerjinin bağlantısı ve nihai olarak da tertîbü'l-vucûd gibi felsefenin temel meselelerinde Üstadın verdiği derslere de kitapta yer verilmiştir.