19. yüzyıl oryantalistleri her ne kadar ilk dönem siyer kaynaklarına ulaşsalar da İslamı ve Hz. Muhammedi yine Hıristiyan arka planları ve rasyonalist pozitivist seküler veya deist altyapılarıyla incelemişlerdir. Neticede selefleriyle hemen hemen aynı sonuçlara varmışlardır. Emir Ali başta Muir olmak üzere oryantalistlere cevaben savunmacı bir üslupla yazdığı eserlerinde İslam-Hıristiyanlık mukayesesi de yaparak İslamın mutlak üstünlüğünü Hz. Muhammedin son ve gerçek peygamber olduğunu savunarak oryantalistleri önce bir aynaya bakmaya davet etmiştir. Batılılardan dindar Müslümanların Hz. Muhammed algısına saygı duymalarını beklerken onlara da anlayabilecekleri/ algılayabilecekleri bir peygamber imajı çizmeye çalışmıştır. Ancak muhataplarının Hıristiyanlıktan kaynaklanan önyargı ve husûmetleriyle mücadele ederken gösterdiği başarıyı onların yöntem ve bakış açılarına karşı gösterememiştir. Yine de O Müslüman entelektüelleri değerleriyle barışık olmaya çağıran bir mürşid İslama ilgi duyan gayr-i müslimler için ılımlı bir davetçi Oryantalistlere karşı ise aktif bir savunmacıdır.