Bütün hayatı müddetince geride eser bırakmaya büyük önem veren Mehmed Ali Aynî'nin daha çok dinî felsefî ve tasavvufî alanlarda yayınlanmış birçok kitabı; gazete ve dergilerde kalmış birçok makalesi vardır. Milliyetçilik adlı eseri ise Mehmed Ali Aynî'nin son kitabıdır. Yazar bu çalışmasında din ve millet kelimelerinin gelişimini tüm yönleriyle ele alarak Avrupa'da ortaya çıkıp daha sonra da tüm dünyayı etkisi altına almış olan milliyetçilik düşüncesinin tarihsel köklerini bulmaya çalışıyor. Bu paralelde ırk kavim dil halk ümmet devlet vb. kelimelere geniş izahlar getiriyor. Çeşitli yönetim şekillerini incelerken bunların tarihteki örneklerini de okura sunuyor. Aynî dinin insanlık açısından önemine vurgu yaparken İslam tarihinde yaşanan olaylara ve Müslümanların arasında vuku bulan fikirsel ayrılıklara da yer veriyor. Türklerin dinî serüvenini geniş bir şekilde anlatan yazar Ziya Gökalp'in bu konuda kaleme aldığı birkaç makaleyi kitabına eklemeyi de ihmal etmiyor. Yakın döneme gelindiğinde ise imparatorluğun dağılma sürecini Osmanlı İmparatorluğu'nda bulunan çeşitli ırklara mensup halkların milliyetçilik duygularıyla bağımsızlıklarını nasıl elde ettiklerini ve akabinde yeni devletin yani Cumhuriyet'in kuruluş mücadelesini tarihsel belgeler ışığında açıklayan Mehmed Ali Aynî insanlık ve Türk tarihinin geçirdiği evreleri bütün detaylarıyla gözler önüne seriyor.